结构生物信息学
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品牌: (美)P.E.波恩
基本信息·出版社：化学工业出版社
·页码：453 页
·出版日期：2009年
·ISBN：7122031802/9787122031808
·条形码：9787122031808
·包装版本：1版
·装帧：平装
·开本：16
·正文语种：中文
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内容简介《结构生物信息学》共分29个章节，主要对结构生物信息学的基础知识作了介绍，具体内容包括蛋白质结构基础原理、PRoTEIN DATA BANK、识别蛋白质中的结构域、结构信息学与药物发现、CASP和CAFASP实验及其发现等。该书可供各大专院校作为教材使用，也可供从事相关工作的人员作为参考用书使用。
媒体推荐“这本书…对于所有致力于研究和理解结构与功能之间的相互影响的每个人都是一本必读的好书……”
——加利福利亚大学圣地亚哥分校副校长
目录
第1部分 简介
第1章 定义生物信息学与结构生物信息学
第2章 蛋白质结构基础原理
第3章 DNA和RNA结构基础原理
第4章 高通量结晶技术与高分子结构解析中的计算技术
第5章 生物大分子结构解析与NMR波谱技术
第6章 电镜
第7章 分子图形学
第2部分 数据描述和数据库
第8章 PDB、mmCIF及其他数据格式
第9章 PRoTEIN DATA BANK
第10章 核酸数据库
第11章 其他基于结构的数据库
第3部分 比较特征
第12章 蛋白质结构进化和SCOP数据库
第13章 CATH数据库
第14章 结构质量验证
第15章 全原子接触：一个确认结构的新方法
第16章 结构比较与比对
第4部分 结构和功能测定
第17章 二级结构测定
第18章 识别蛋白质中的结构域
第19章 从蛋白质结构推测其功能
第5部分 蛋白质相互作用
第20章 从进化信息预测蛋白质-蛋白质相互作用
第21章 静电相互作用
第6部分 作为药物靶标的蛋白质
第22章 对接的原理、方法及配体设计
第23章 结构信息学与药物发现
第7部分 结构预测
第24章 CASP和CAFASP实验及其发现
第25章 同源建模
第26章 折叠类型识别方法
第27章 从头预测方法
第8部分 未来
第28章 一维预测：二级结构、跨膜螺旋以及溶剂可及性
第29章 结构基因组
……[看更多目录]
序言结构生物学和信息学研究领域的快速发展值得我们高度重视。这些领域的发展不仅引起了传统实验室生物学家的兴趣，而且还吸引了包括政治家、世界各国政府和工业界在内的目光。这个领域给予年轻科学家的研究和工作机会超过了研究成果产生的步伐，呈现出一种非典型但精彩纷呈的境况。确实，对于今天正在接受这个领域教育和训练的人们而言，所面对的机会实际上是无可限量的。这种机会和优势集中体现在结构生物学与信息学的相互交叉与融合，这本书的出版是如此的及时，可以引导我们进入一个新的研究领域。在提供结构生物信息学第一本著作的工作方面，Philip E．Bourne和Helge weissig分别针对他们各自研究领域的问题，作为最主要的权威研究者做出了各自应有的贡献。这本书完全抓住了生物发现研究中的突破口，或者说生命科学的前沿问题。这些处在计算科学和生物学之间的前沿问题自身反映了几十年来在两个研究领域发生的重大进步和变革性进展。事实上，经过若干年的发展，这些研究领域自身就会逐渐地成熟起来，并反过来为自身领域的发展产生更为重大的作用和意义。然而，在过去的最后十年里，由各国政府支持和提供的科研基金并没有在生物信息系统方面发挥应有的作用；与之相类似的是，由于缺乏进行数据整合和生物学模建的工具和手段，在更为深入的系统水平对生物学认知研究的脚步无法跟上技术发展和变革的步伐，从而导致这些技术虽然增强了基于试验的发现能力以及数据的收集能力，但却无法增强更高层次的整合，进而到达生物系统学的层面。今天，伴随着不断增加的经费支持机会以及来自实验科学领域的关注，我们已经走到了根本性转变的十字路口，就像这本书直接呼吁和强调的那样，要将信息科学技术和定量化的方法同时应用在基础和应用生命科学的研究中！
早期的几代生物信息科学的先行者和实践者，他们当中的绝大多数是来自于物理科学和工程学研究领域。当大的制药企业逐渐意识到生物信息的重要性时，在研究基金的资助下，他们离开了原有的学术环境，投身到生物信息学的研究领域当中。结果，我们失去了一些原有人才的产生机会，这些人当中的许多位如果没有选择从事这个领域的研究工作，或者说没有接受相关的培训，他们今天应该已经成为杰出的人物。毕竟工业界存在和提供的机会要大得多。今天，提供具有最好质量的，表述清晰的教科书是十分重要的，这也是为什么我们要费尽周折选取和确定合适的课程和内容，用于培训第一代将来有可能成为真正的生物信息学家的学生。为了教授和培训大量的愿意致力于生物信息学研究的年轻科学家，或者更为通俗地讲，扩大和增加可以将信息技术应用于高通量生物学研究的群体，需要提供最为权威的处理方式，以提供最为坚实的基础，进而推动新一代科学家的诞生。这样一项工作的实施最好也要获得很大的受众群，包括那些希望重新进行自我培训的已经成熟的科学家，同时需要建立在全世界各个地方都通用的培训标准和规则。这本书极好地满足和实现了这些要求和目标，是我们当中致力于研究和理解结构和功能之间相互影响关系的每一个人必读的书籍。
文摘在20世纪70年代初期PDB刚起步时，只有很少的几个条目，用于管理数据的信息技术也处于起步阶段。然而，随着20世纪80年代PDB数据条目的缓慢增加，新的算法、更快的计算机和能有效管理这些数据的数据库系统的出现使这些条目的比较分析成为可能。
对PDB数据的比较分析揭示了数据在形式和内容上的不足。这一点在第8章中讨论过，这里就不再赘言了。今天PDB致力于提供关于大分子结构和测定分子结构的实验的一致、完整的信息。这些丰富而复杂的生物学数据提供了很多为这些信息增值的机会。这样研究者们就面临着在庞大资源中如何选择的问题。本章节介绍了我们认为对大部分人都很重要的一组数据资料。
不是所有关于大分子结构的基本信息都存在于PDB（图11-1）。这里我们想到另外三种基本信息来源。第一，是摘自文献的结晶条件信息。第二，是和生物大分子共价或非共价结合的有机小分子的信息。第三，是来自结构基因组计划的日益增大的信息量。
生物大分子结晶数据库（BMCD）包含了晶体数据和结晶条件，它们是由文献中的人工注释汇编得到的（Gilliland，Tung和Ladner，1996）。现在，BMCD包括2526个生物大分子的3547条晶体条目。这些条目包括蛋白质、蛋白质一蛋白质复合物、核酸、核酸一核酸复合物、蛋白质一核酸复合物和病毒。除了包括文献中提到的数据，BMCD还从。NASA Protein Crystal Growth Archive中获取数据，这些数据包括NASA在微重力环境中的研究数据和其他国际空间机构的微重力实验结果。
